El agua subterránea deja de considerarse como tal cuando abandona el subsuelo para emerger a la superficie del terreno (pasando en ese instante a ser agua superficial) a través de manantiales, zonas de rezume, o simplemente de las plantas del suelo.
Descarga natural: Los manantiales.
Cualquier descarga natural de agua en la superficie del terreno en cantidad apreciable, procedente de un acuífero se denomina manantial. Son aliviaderos naturales por los que desaguan los embalses subterráneos, ya sea directamente bajo la atmósfera (manantiales subaéreos) o bajo la superficie de océanos, lagos o ríos (manantiales subacuáticos).
La descarga de los acuíferos no se realiza exclusivamente a través de los manantiales ya que a veces la zona de saturación del subsuelo al interceptar la superficie del terreno, no da lugar a un flujo concentrado sino a una zona de rezume o flujo diseminado, en que resulta difícil la estimación del caudal de desagüe. A veces la descarga se produce mediante la evapotranspiración directa de las plantas cuyas raíces alcanzan directamente la zona saturada.
La causa más frecuente de la aparición de manantiales se debe a variaciones locales de la permeabilidad del terreno que a su vez se puede deber a fenómenos de carácter tectónico.
Son especialmente frecuentes en áreas de montaña los manantiales de ladera, en los que la superficie de terreno intercepta a la superficie freática produciéndose en ese punto el alumbramiento del agua.
Descarga artificial: Los pozos.
El método más corriente de explotación de los acuíferos es la perforación de pozos verticales que alcanzan el nivel hidrostático local, por los que se extrae el agua mediante bombeo.
El efecto más notable del bombeo de los pozos es la depresión provocada en el nivel de agua en su interior, consecuencia del descenso generalizado de la superficie piezométrica del acuífero en el entorno de la captación. En efecto, cuando un pozo empieza a bombear agua subterránea, se produce un cono de depresión alrededor del mismo, tanto más acusado en profundidad y extensión cuanto mayor sea el caudal de explotación y menor sea la permeabilidad del acuífero.
Al principio aumenta rápidamente el cono de depresión, pero este aumento va siendo cada vez menos acusado hasta que se llega a un equilibrio entre el caudal extraído y el aporte de agua al acuífero continuando en lo sucesivo el bombeo a nivel constante (aforación). Se llama radio de influencia del pozo, a la distancia máxima a la que se acusan los efectos de la depresión originada en otro pozo testigo, es decir, al radio en la base del cono de depresión.
El diámetro del pozo tiene poca importancia en el caudal de agua que suministra el pozo, este depende directamente de la permeabilidad de la roca y del radio del cono de depresión.
Si los pozos de una zona están demasiado próximos unos a otros, llegan a superponerse sus conos de depresión, o sea, sus radios de influencia, originándose entonces un descenso generalizado del nivel hidrostático regional que puede llegar a secar los pozos que no sean bastante profundos.